Trong thời gian hoạt động trong ngành Ngoại giao, Thứ trưởng Nguyễn Minh Vũ đã được trao tặng một số danh hiệu, bằng khen như sau[1]:

- Huân chương Lao động hạng Ba năm 2018 vì có thành tích xuất sắc trong năm APEC 2017;

- Bằng khen của Thủ tướng Chính phủ năm 2007 vì có thành tích xuất sắc trong năm APEC 2006;

- Bằng khen của Bộ trưởng Bộ Ngoại giao (năm 2011, 2014);

- Là 1 trong 70 điển hình tiên tiến Toàn quốc năm 2017;

- Huy chương vì sự nghiệp Ngoại giao Việt Nam năm 2018;

- Bằng khen của Chủ tịch Phòng Thương mại và Công nghiệp Việt Nam, Bộ trưởng Bộ Lao động – Thương binh và Xã hội (năm 2017);

- Chiến sỹ thi đua cấp Bộ năm 2014 và chiến sỹ thi đua cấp cơ sở (trong các năm 2008, 2012, 2013, 2014)./.